根据省卫健委的工作安排，省药依所负责协助在云南省开展医疗卫生合作项目的境外非政府组织代表机构的管理工作。目前以省卫健委为业务主管单位并已登记备案的包括福华国际（美国）云南代表处、国际施达有限公司（香港）昆明办事处、利玛窦社会服务基金会（澳门）昆明办事处、协力会（挪威）云南代表处、弗雷德·霍洛基金会（澳大利亚）昆明代表处等10家境外非政府组织代表机构。

2022年，以上10家机构计划在云南省开展医疗卫生合作项目，其中3家机构计划在省外开展项目，1家计划在中缅边境缅甸一侧22个县开展项目，其余均在省内开展项目。10家机构预计开展项目68个，投入资金总额人民币11448.43万元，其中项目资金8017.42万元，行政经费3431.02万元。

以上项目内容涉及艾滋病、麻风病、自闭症、脑瘫、结核、疟疾、小儿麻痹、乙肝、乙脑、麻疹、破伤风、宫颈癌、新冠肺炎、耐多药结核病、心脑血管疾病、糖尿病、唇腭裂、白内障、屈光不正、糖尿病视网膜病变、老年疾病、慢性病、新生儿肺炎、新生儿窒息、儿童心理疾病、康复医疗（残障人士、老年人、慢性病患者、儿童）等病种。省药依所按照相关规定，已于2021年12月2日向省卫健委报送了2022年度工作计划。